普通の中学生・月野うさぎの前に、ふしぎなぬいぐるみ猫・ルナが現われた。
「うさぎちゃん、あなたは戦士なのよ！」

うさぎが出会った孤独な天才少女・水野亜美。
ルナは、彼女こそ第２のセーラー戦士だというのだが……。

セーラー戦士の使命は、悪と戦い、“プリンセス”と幻の銀水晶を守ること。
そして、残る戦士は、あと２人！
そんなおり、うさぎの前にあらわれた巫女・火野レイ。
少女連続失踪事件とレイの関係は……？

第３のセーラー戦士としてめざめた火野レイ＝セーラーマーズ。
しかし、レイはうさぎたちの仲間になることを拒絶する。彼女の身をこがす内なる炎とは？
一方、新たなる四天王・ネフライトが、幻の銀水晶を求めて動きだす！

亜美にとって「月野さん」は、生まれて初めての友だち……。
……と本当に呼べるのだろうか？
天才少女・亜美。しかし彼女は、その天才をもってしても解けない謎に直面していた。

一陣の風のように、十番中学に転校してきた少女・木野まこと。
とかく怪しいウワサのつきまとう彼女だったが、まことの「男らしさ」にうさぎは惹かれていく。しかし……

またもタキシード仮面に助けられたセーラームーン。しかし、セーラーＶは「彼は敵だと思いなさい」と忠告する。
そんなおり、タキシード仮面が傷を負ったことから、うさぎは彼の正体を知ってしまい……。

「やはり、セーラーＶがプリンセスか？」
ゾイサイトの魔手がセーラーＶに伸びる。
一方、レイとまことが火花を散らしあう中、うさぎは愛野美奈子のイベントに参加しようとしていたが……。

「私の狙いは、幻の銀水晶！」
タキシード仮面がマスコミに声明文を発表した。謎の秘宝をめぐって街は興奮のるつぼ。
あらためて彼が敵だと認識する一同の前に、うさぎは……。

「ママは、月に帰ったの」

かぐや姫の「月の国」を信じていた幼いレイ。しかし、ルナはそれを、夢物語とは笑わない。
「夢じゃ、ない……かもよ……」

「愛野美奈子が交通事故！」

心配でたまらないうさぎとまことは、美奈子が入院中の病院に潜入。しかし、そんなうさぎたちに、美奈子は冷ややかな目を向ける。
《プリンセス》として……！

「あんな子が……セーラームーン……」

初めてうさぎに触れた《プリンセス》美奈子は、失望を隠せない。
そんな美奈子に、ネフライトの攻撃が襲いかかる！

「マスター、エンディミオン……」

ゾイサイトの最期の言葉が、地場衛の脳裏に残る。
そんな彼の前に、やはり記憶を持たない男・シンがあらわれ……

「セーラームーンが、妖魔になってしまう！」

クンツァイトの攻撃を受けたセーラームーンの妖魔化が進む。
「うさぎちゃんは、私が守る！」と決意した亜美は……。

“プリンセス”美奈子を、執拗に追う妖魔の影。

そんなある日、美奈子の宝石類が盗まれる事件が。
奪還作戦に出るうさぎと衛だったが……！

からくも妖魔を倒したセーラームーン。
だが、彼女のあずかり知らぬところで、クンツァイトのエナジーファーム作戦が進行していた。

妖魔の罠に落ちた大阪なるを前に、亜美は……。

「そっか。彼女、いるんだ……」

地場衛と彼女のツーショットを目撃してしまったうさぎは、「わたしが好きなのはタキシード仮面！」と、必死で自分に言い聞かせるが……。

一方、レイは教会で、アイドル・愛野美奈子の意外な姿と遭遇する！

“プリンセス”としての思惑を超えて、はげしく対立するヴィーナスとマーズ。
だが、いったいなぜ妖魔は神父を狙ったのか。その本当の目的とは。２人の追跡が始まる。

一方、「衛の彼女」の存在に、われながら驚くほど傷ついていたうさぎは……。

いよいよバレンタイン！
マフラーを衛に渡したいうさぎ――だが、衛には婚約者・陽菜が…。

一方、さらなる作戦に打って出た美奈子に、レイは…。

「うさぎに、本当のこと話さなきゃ…！」
と行動を起こしたまこと。だが、彼女の目の前には、Ｗデートするうさぎと衛が？！

「いったい、何がどうなってんだ？」
そして、まことが見たものは…

「あんた――最低だ！」
タキシード仮面＝地場衛に、怒りの鉄拳を浴びせかけるまこと。
そして傷ついたうさぎは、学校をお休み。……けど、亜美まで？

誰も知らないうちに、亜美に、おそろしい異変が起こりつつあった。

「逃げてもムダよ！」

クンツァイトの罠にはまり、悪の戦士と化したセーラーマーキュリーが、３人に襲いかかる。
「亜美ちゃんとは、戦えないよ」
悩むうさぎ＝セーラームーンに、《プリンセス》ヴィーナスは命じる。敵を倒せと……たとえ仲間でも！

亜美を助けたい！
焦りを隠せないレイに、美奈子が追いうちをかける。
「セーラームーンが先にめざめるなんて。リーダーとして、なにか欠けてるんじゃない？」
そして、美奈子がレイに課した試練とは…。

衛がイギリスへ出発する日が近づく。
そんな衛に、しきりにアプローチを試みるゾイサイト。
「そんな名前で呼ぶな！」　拒絶する衛に、クンツァイトの魔手が…

タキシード仮面が衛と知ったうさぎ。
そうとも知らずに、自分の気持ちを告白してしまったうさぎを、衛は受け止めることができるのか。

一方、ふたりの関係に気づきはじめた陽菜が、思い切った行動に…

プリンセス・セレニティとして覚醒したセーラームーン。
めくるめく記憶。明かされる秘密。
そして、うさぎと衛は、それぞれの決断をする───。

うさぎと衛の恋は終わり、一見平穏な日常が戻った。
そんな平穏をかき乱し、出没する不思議な少女。
しかし、うさぎの胸を占めるのは亜美のことだった。

そして、ついにセーラームーンとマーキュリーの最終決戦の時が…！

術がとけ、元の心をとりもどしたマーキュリー。
しかし時すでに遅く、セーラームーンは彼女の凶刃に倒れた。
クンツァイトは、そんな彼女たちをダークキングダムに連れ去ろうとし…

亜美が戻り、平穏をとりもどした一同。
その学校にあらわれた、謎の転校生・黒木ミオ。
彼女は、愛野美奈子のライバルでもあり…?!

「ミオちゃんにケガさせた！」と、うさぎはクラス中から総スカン。
「うさぎちゃんは悪くない！」
と主張する黒木ミオは、うさぎの起死回生のチャンスとして、「愛野美奈子のシークレットライブ」を提案するが…。

ひとり、「戦士の力」にめざめずにいるまこと。
そして、まことをデートに誘いたい古幡元基。

手がかりをつかむためなら「どんなことでも！」と思うまことは、元基とのデートを承諾するが…。

衛がロンドンで失踪？
うさぎはもう、いても立ってもいられない。
そこに、「ロンドンに行ける」という願ってもないチャンスをくれるミオ。
はたしてうさぎは、衛のもとに駆けつけられるのか？

妖魔が発生した夜。
出動したレイと亜美だったが、挙動不審で警官に補導されてしまう。
交番から連絡を受けた、亜美の母は――そしてレイの父は。

親と娘の戦いがはじまる。

子が親を思い、親が子を思う。
どうしてそれが、すれ違いになる？

父親と母親に、正面から向き合おうとするレイと亜美――それは、自分自身との対決。

その日は、美奈子のライブ前日。

星を滅ぼすわけにいかない！
決意の美奈子は、ゾイサイトと手を結び…？

美奈子が倒れた！
巻き起こる波紋。セーラー戦士たちは、そしてうさぎと衛は…。
一方、あくまでエンディミオン＝衛を手に入れようとするクイン・ベリルは、信じられない作戦に打って出る。

そのとき――

「エンディミオン…」

その一言を残して、失踪したうさぎ。
いや、もはや彼女は「うさぎ」ではない？

うさぎの姿を探して走る５人だが…。

「わたしが星を滅ぼした…」

との言葉を残し、ふたたび姿を消すプリンセス・セーラームーン。
自分の中で、「うさぎ」と向き合おうとする彼女だが…。

うさぎ＝セーラームーンに宣戦布告する、衛＝エンディミオン。
衛は、本当に敵に寝返ってしまったのか。その真意は？

そんなおり、あの齋藤社長が月野家に…！

「セーラーヴィーナスじゃない私なんか、いないんだよ」

歌手引退を決意する美奈子。
そんな美奈子に、新人・マーズれい子が挑戦状を叩きつけ…！

「ひとりでいいんだ」

まことは、そう思う。
しかし、「思ってるはずないよ」と、うさぎはいう。
そのとき、メタリアの力がさらなる増幅をはじめ…

「これが、星を滅ぼす力なんだ…！」
なるをも巻き込んでしまった、プリンセス・セーラームーンのパワー。その力を押さえることを決意するうさぎは、必死の努力をつづける。

しかし、増大の一途のメタリアの力は、ついになるにも及び…

増大をつづける銀水晶の力とメタリアの力。
衛＝エンディミオンは、うさぎを鎮めるため、たった一日だけ、自分を解放するように願い出るが…

やはり自分の命を捨てても、衛はプリンセスを選ぶのか？

失望を隠せないクイン・ベリルに、衛の助命を懇願するゾイサイト。
そのためのひきかえとして、ベリルの突きつけた条件は──「プリンセスの命！」

再入院した美奈子。そして一同は、その深刻な病状を知って衝撃を受ける。
しかし、美奈子の決意は揺るがない。

「たとえ命を捨てても、前世の使命は果たさなきゃ！」

「命を捨てても、前世の使命を果たす！」
壮絶な攻撃を仕掛けたジュピターは、爆煙に消えた。
そして、もはや変身する余力さえ失ったヴィーナスは？

手術を受けることを決心した美奈子。たとえ、どんなに可能性が低くても…。

そして、《その日》が訪れた。

「美奈子が、逝ってしまった…」

手術を前に、燃えつきた美奈子の命。
そして、起死回生の策として、メタリアの力を取り込んだエンディミオン＝衛の試みは？

星を救うため、エンディミオンを殺したセーラームーン。

「エンディミオンを、殺した。エンディミオンが、死んだ……！」
そして、すべて開放される《幻の銀水晶》の力。

最後の日は…

…すでにはじまっていた…。

うさぎと衛の結婚式まで、あと一週間。

あの戦いから、数年後。
そんなおり、新たなる敵が！　しかし、変身できない５人には、なすすべもない。

最後の戦いに向けて、走る５人は…。