ストーリーダイジェスト（第１話〜第31話）

沖縄・与那国島の海辺に、オーパーツ（ありうべからざる遺物）が漂着した。
３万年前の物体と鑑定されたそれは、パズルのような構造をしていた。あたかも超古代からの挑発であるかのようなパズルに、果敢に挑戦する警視庁・未確認生命体対策班の研究者たち。
それが、“古代からの危機”を未然に防ぐことを信じて……。

一方、同対策班ではＧ３システムの開発が進められていた。
２年前に社会を震撼させた“未確認生命体関連事件”を教訓に、一種の装甲強化服を開発するプロジェクトである。
Ｇ３システムの装着員に選ばれたのは、若き刑事・氷川誠。
同システムの開発と、同システムを主軸とする機動部隊・Ｇ３ユニットの陣頭指揮を取るのは、警視庁警部・小沢澄子である。

その頃、不可解な連続殺人事件が発生。
人間業ではありえない犯行──不可能犯罪とでも言うべき事件。
そして事件は尾を引いた。ひとりの被害者が発生すると、その血縁者がつぎつぎと犠牲になっていくのだ。

未確認生命体の犯行を疑って、捜査を進めていた氷川誠は、やがて“アンノウン（未知の存在）”としか言いようのない敵に遭遇する。
Ｇ３システムを装着して応戦する氷川だったが、アンノウンには歯が立たない。

そこに、突如あらわれた謎の戦士が、アンノウンを一撃のもとに倒す。
謎の戦士──“アギト”とは、いったい何者か。

アギトの正体は、記憶喪失の青年・津上翔一だった。

心理学者・美杉教授に引き取られて暮らしている彼は、家庭菜園をはじめ、家事全般が趣味という、いたって平和な青年である。
だが、アンノウンの出現に感応した翔一は、何かに突き動かされるようにアギトに変身し、アンノウンに敢然と戦いを挑む。
変身した翔一は、穏和な翔一とは打って変って、理想的な戦士である。あたかも、それが本能であるかのように、アギトは着実にアンノウンを屠っていく。
そして、アンノウンたちもまた、そんなアギトを、不倶戴天の敵として敵視した。

いったいアギトとは何なのか。なぜ、自分が変身し、そんな戦いができるのか。
翔一自身にも、その理由はわからない。翔一の失われた記憶の中に封印されているそれは、解いてはいけない謎なのかもしれない……。

美杉家には、翔一よりも前に引き取られて暮らしている少女がいた。
風谷真魚（かざや・まな）。美杉教授の姪に当たり、美杉の義兄の遺児である。

しかし、真魚は、翔一がアギトであることを難なく受け入れた。
なぜなら、翔一を信じているからだけでなく、彼女自身が特別な能力──いわゆる超能力の持ち主であったからだ。
幼い頃から透視能力を発現させていた真魚は、亡き父・風谷伸幸に、“力”のことは他人には隠すように言い聞かされて育った。「他人にはいえない“力”を持つ」こと………それは、真魚にとって他人事ではなかった。
それ以来、真魚は翔一がアギトであることを知る、唯一の人物となり、唯一の理解者となる。

一方、アギトと似た変身能力に目覚めた青年・葦原涼。
将来有望な水泳選手だったが、交通事故に遭い、あわや選手生命を絶たれそうになった涼。絶望の底から立ち上がった彼は、血のにじむようなリハビリを経て、奇跡の再起に挑戦しようとしていた。
だが、再起を期した試合中に“ギルス”への変身能力に目覚めたことで、涼は肉体に変調をきたしてしまう。

ひとり苦悩する涼は、身近な人たちに救いを求める。だが、彼が異形の姿に変身するのを目の当たりにした人たちは、つぎつぎと涼から離れていく。信頼していたコーチも、元恋人・真由美も……。

変身能力を得ても、アギトのように「アンノウンを倒したい」という強い衝動も動機も、彼にはない。だが、他人に拒まれても拒まれても、どこかで人との触れあいを求めつづける涼は、身近な人を守りたい一心で、ギルスに変身して戦う。
そのたびに、強烈な後遺症が肉体をむしばみ、自分の生命を削り取っていくと分かっていても。

そんな矢先、涼の父親が死んだとの連絡があった。涼の父は、瀬戸内海を航行するフェリーボート“あかつき号”に乗り合わせて遭難してから、人が変わったようになり、放浪生活を送ったあげくに衰弱死したという。
いったい、“あかつき号”で父に何があったのか。事故の生存者を訪ね歩く涼だったが、事件関係者の口は重い。

あかつき号乗客の一人、榊亜紀にめぐり逢った涼は、強い共感を覚える。
残り少ない人生を、亜紀といっしょに生きよう。涼が一瞬の希望を抱いた刹那、捜査一課刑事・北條透の指揮するアギト捕獲作戦のあおりを食い、涼＝ギルスは機動隊の一斉射撃を受けてしまう。
涼が死んだと思い込んだ亜紀は、機動隊員らアギト捕獲作戦のメンバーに復讐を始めるが、涼と亜紀が再会し、それが誤解と分かる。その刹那、亜紀はアンノウンに殺されてしまう。
それをアギトのしわざと誤解した涼は、残りの人生のすべてを賭けて、アギトへの復讐を誓うのだった。

アンノウンの謎が解けないまま、アギトやギルスといった第２・第３の謎の存在の出現にも焦りを禁じえない警視庁は、戦果にとぼしいＧ３システムを放棄し、次なる装備として“Ｇ３−Ｘ”を開発する。
Ｇ３ユニットに私怨を抱く北條透との確執を経て、Ｇ３−Ｘの装着員としての座を確保したのは、やはり氷川誠だった。

アンノウンの謎を追ううちに、氷川誠は、彼らの活動の法則性に気づいていく。
アンノウンが襲っているのは、いわゆる“超能力者”ではないのか。
そして、彼らが第一の被害者を襲ったのち、次にその親族を狙うのは、超能力者の血統を根絶やしにしようとしているのではないか……。

あかつき号の生存者・相良克彦によって殺害された涼。
沢木哲也は、克彦の治癒能力で涼を死から甦えらせようとするが失敗。そこで哲也は、より強い力を秘めている真魚の能力を覚醒させると同時に、克彦を使って真魚の周囲に怪現象を起こさせ、彼女を心理的に追いつめていく。
哲也の目的は、あかつき号グループを掌握すると同時に、真魚をその仲間に引き入れ、利用することにある。

涼は復活するのか。
“あかつき号”の船上では何があったのか。事件関係者の影で糸を引く木野薫とは何者か。
“アンノウン”とは何者か。その目的は何か。そして、それに対抗する“アギト”や“ギルス”とは何なのか。

ついに行動を開始した沢木哲也。
一連の事件を結ぶカギに気づきはじめた北條透の捜査の行方は？
そして、翔一・氷川誠・涼………３人の仮面ライダーを待ち受ける運命は？

物語は、クライマックスに向けて激動していく。